分阶段世界

除了经典地图（各区域按世界的真实坐标标出），游戏还有按生态区划分的地图：一条按等级排序、带编号的区域路线，沿途有首领。它是同一个世界更有引导性的呈现方式，也是新手最自然的入口。

区域路线

一个生态区会把它的区域排成一个序列：路线上的每个节点都是一个有自己等级的区域，整个生态区覆盖一段等级范围（第一个可玩的生态区森林有33个区域，覆盖等级4到39）。点击一个节点就会在那里开始狩猎，和经典地图上完全一样。

有些节点会显示捷径：通往更远区域的通道，标签上写着推荐等级。它们标出了路线与世界其他部分相连的地方。

在有阶段首领的区域，每30次击杀中会有一次是首领：它是该区域主要宝可梦的进化形态，但被削弱了（完整实力的60%）。同一个区域的首领总是同一只，它出现时比区域等级上限高6个等级。

打倒首领比普通击杀花的时间更多，具体代价取决于等级差：在低等级区域影响较大（接近击杀效率的10%），在高等级区域几乎没有影响（不到1%）。它会用奖励把这些补回来：击杀首领获得的经验是普通击杀的5倍，金币是3倍。

首领也可以被捕获。它是一次真正的遭遇：如果你的球和你的筛选条件覆盖了它的种类，就会像任何一次捕获那样进行尝试，捕获到的正是你在屏幕上看到的那只：进化形态，首领的等级。它甚至可能是闪光的，概率和任何遭遇一样。

和游戏的其他部分一样，这些离线时也有效：阶段首领战会自动进行，即使你没在看，也不需要你待在屏幕前。你不会因为没在观看就输掉战斗。

每个生态区都有自己的钥匙（在森林是森林钥匙）。它是击杀时的稀有掉落，与普通掉落分开独立随机，概率为1/30,000。

每个生态区的第一把钥匙要容易得多：只要这个生态区还没给过你钥匙，概率就会提高到1/1,000。这个规则每个生态区只生效一次，目的是让你不会被卡在第一个首领的门口。第一把掉落后，概率就恢复正常。

实际需要多久，取决于你的击杀速度：

表中“普通的3只队伍”是目前玩家的中等速度：每小时840到1,190次击杀。

离线进度的收益是上面的80%，而且最多只计算12小时：光靠睡觉是拿不到一把钥匙的。每个生态区的第一把钥匙，按首次的概率，在上面任何一种速度下都能在不到4小时的狩猎中掉落。

钥匙是普通的背包道具：会占格子，可以堆叠，也可以放进仓库。

钥匙可以打开首领房间，这是生态区的收官之战（在森林是等级42的 Venusaur）。它和游戏里的其他内容都不一样：

也就是说：攒下2或3把钥匙，就是拥有2或3次真正的机会；更强的队伍会提高胜率，而不是简单地“解锁”这场战斗。

获胜会完成生态区的一幕，而各幕组成一道阶梯：每完成一幕，下一个首领的有效等级就会复利提高12%：HP 更多、伤害更高，但奖励也更多（胜利获得的金币随有效等级增长）。当前的幕数和有效等级会显示在首领房间窗口里。

多次打败同一个首领，获得的金币会越来越少。前3次胜利拿全额奖励；从第4次开始，每胜一次奖励就下降25个百分点（75%、50%…），直到降到全额的25%，之后永远停在这个下限。