化石、研究所与盒子
除了捕获和培育，还有三种方式可以充实你的收藏：复活化石、从15只初始宝可梦中挑一只，以及在研究所融合宝可梦。它们都会进入同一个盒子，而且这三种方式总是能放进去：盒子上限只对地图上的捕获生效。
化石
化石来自宝箱掉落（史诗及以上）。使用化石会消耗这个道具，并直接在你的盒子里生成一只固定种类的全新个体。
| 化石 | 种类 |
|---|---|
| Helix Fossil | Omanyte |
| Dome Fossil | Kabuto |
| Old Amber | Aerodactyl（只来自传说宝箱） |
- 复活时的等级：1（和孵化出来的蛋一样；价值在于种类和稀有度）。
- 稀有度下限：稀有。随机到更好的会保留；更差的会提升到稀有。IVs、性格和闪光都会当场随机决定。
- 化石种类在无法捕获名单上：复活是获得它们的唯一方法。
- 可以通过道具面板一次复活多个，每次最多5个化石。每个都会变成一只独立的宝可梦，各自随机。
化石融合：成堆化石的去处
复活过三次以后，化石就会越攒越多。在研究所，9个相同的化石 + 25,000金币可以换成一次精英复活：
- 稀有度至少为史诗，有概率出现棱彩甚至神话（使用和稀有度融合相同的概率表，按史诗那一行）。
- 各项数值会走极端：每一项要么非常高（24到31），要么非常低（0到7），绝不会是中间值。高风险，高回报。
- 仍然可能出现闪光，当场随机决定，和任何复活一样。
15只初始宝可梦
刚开始时，你只能从第1至5世代的15只初始宝可梦中选择你的队长：
| 世代 | 御三家 |
|---|---|
| Kanto | Bulbasaur · Charmander · Squirtle |
| Johto | Chikorita · Cyndaquil · Totodile |
| Hoenn | Treecko · Torchic · Mudkip |
| Sinnoh | Turtwig · Chimchar · Piplup |
| Unova | Snivy · Tepig · Oshawott |
盒子与队伍
| 概念 | 规则 |
|---|---|
| 队伍 | 最多3只（旧存档可能超过；这时在降到上限以下之前不能再添加） |
| 盒子 | 存放你捕获、培育、复活或融合得到的一切。有上限，而且只对地图上的捕获生效：见盒子上限 |
| 队长 | 队伍中唯一会狩猎的成员；永远不能放进盒子 |
你可以在盒子和队伍之间自由移动宝可梦，但游戏不允许把队长或队伍的最后一名成员放进盒子。
在几百只宝可梦的盒子里找到想要的那只
工具栏里有搜索（按种类或昵称）、排序、稀有度标签，以及收藏和锁定的快捷按钮。更多筛选按钮会打开其余选项：
| 筛选 | 作用 |
|---|---|
| IVs | 分为50%、70%、80%、90%和完美几档。每一档都会显示你有多少只宝可梦达标。 |
| 各项数值 IV | 点击某项数值，要求它达到31；想放宽就把数字调低。平均值会掩盖这一点：一只70%的宝可梦速度可能是31，而一只85%的可能只有12。 |
| 训练(EV) | 已训练、未训练或 EV 已满。放生前很有用：你用营养剂训练过的宝可梦很容易挑出来留下。 |
| 等级、属性和性格 | 等级范围、属性，以及具体的性格。属性和性格只会列出你盒子里实际存在的选项，旁边显示数量。 |
| 可以进化 | 已经达到所需等级，或者它需要的进化石已经在你的背包里。 |
| 重复 | 你拥有不止一只的种类，所有个体放在一起，方便并排比较，决定留下哪只。 |
| 携带道具 | 装备了携带物的宝可梦，免得你不小心把道具卖掉或放生。 |
| 创始人伙伴 | 只显示带王冠的宝可梦。 |
排序也支持 IVs 和 训练(EV)。在这两种模式以及战力模式下，数字会直接显示在格子里：列表不只告诉你哪只更好，还显示好多少。
界面上所有的计数都会遵循已开启的筛选条件。如果“普通”标签显示6，点它就会出来6只。
市场里也有同样的 IV、训练、属性、性格和等级筛选，而且“IV 90%+”在两个界面上的意思完全一样。
研究所：稀有度融合
献祭9只完全相同的宝可梦（同种类、同稀有度、没有闪光、没有锁定的，见放生宝可梦与粉尘），再加上1个融合核心，就能合成一只全新的个体，而且可能是更高的品阶。这是获得神圣的唯一方法。
融合还要消耗粉尘，数量取决于投入的稀有度：普通25、优秀80、稀有300、史诗1,000、棱彩3,600、神话12,000、星辉40,000。详见放生宝可梦与粉尘。道具融合（TM 和刻印）不消耗粉尘。
三种可能的结果：
- 提升：品阶+1。
- 大奖：品阶+2。
- 失败：品阶不变（但仍是一只重新随机的全新个体）。
投入的品阶越高，概率越差：
| 投入品阶 | 提升 | 大奖 | 失败 |
|---|---|---|---|
| 普通 | 60% | 5% | 35% |
| 优秀 | 55% | 5% | 40% |
| 稀有 | 50% | 4% | 46% |
| 史诗 | 42% | 3% | 55% |
| 棱彩 | 35% | 2% | 63% |
| 神话 | 28% | 1.5% | 70.5% |
| 星辉 | 20% | 0% | 80% |
产出的个体是一只从零开始的全新宝可梦：IVs、性格和闪光都会重新随机，EVs 清零。它的等级是9只被献祭宝可梦等级平均值的向下取整，EXP 从零开始。
混沌融合：重复的 TM
普通的道具融合需要9个完全相同的 TM。混沌融合接受任意9个 TM（招式和稀有度可以混搭），并返还一个随机招式的 TM，招式从游戏的全部招式中抽取。
- 产出的稀有度以投入的平均值为起点，并使用上面同样的概率表：可以提升1级（提升）或2级（大奖）。如果是失败，就按平均品阶产出，绝不会更低，新的 TM 仍然归你。
- 和所有道具融合一样，它不需要融合核心（只有宝可梦融合才需要）。费用是金币：3,000 ×（平均品阶 + 1）。一批普通 TM 花费3,000；平均为史诗的一批花费12,000。
- 附有刻印的 TM 不能投入（刻印会丢失）。请先取下刻印。
- 九个神圣 TM 已经无处可升：这次融合会变成对招式的重新随机，品阶不变。
这是清理塞满重复 TM 的宝箱的办法：不值得教的招式变成一次抽中更好东西的机会，闲置的金币也变成了一次赌注。
属性淬炼：永久防御
研究所还能让你的账户在某个属性上进行淬炼。消耗同一属性的增幅器，就能让该属性的所有宝可梦永久提高防御。
- 每一级让防御和特防+3%。每个属性有5级，最多+15%。
- 该属性每一级所需的增幅器：8、12、18、26和37个，另外还要金币（第一级10,000，一直到第五级50,000）。
- 双属性宝可梦会使用两个属性中较高的那个等级，绝不是相加。
- 这个加成在所有地方都有效：狩猎、首领房间、团战和竞技场。
它很值得，因为能撑得更久会改变你能去的地图：每次倒下都要停45秒，原本会击倒你队伍的区域会更早变得可以稳定刷。这就是能不能在高于你等级的区域刷怪的区别。